Từ giai đoạn 2015 đến nay, sản phẩm phân bón nội địa được chuyển từ thuế 5% sang diện không chịu thuế GTGT theo luật 71/2014/QH13, điều này đã tạo ra những khó khăn cho các doanh nghiệp sản xuất phân bón trong nước do:
Các doanh nghiệp sản xuất phân bón nội địa không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, khiến giá thành sản xuất gia tăng;
Phần lớn phân bón nhập vào Việt Nam được các nước xuất khẩu xếp vào diện chịu thuế VAT, nên doanh nghiệp của họ đã được hoàn thuế đầu vào.
Vì vậy, doanh nghiệp nước ngoài có lợi thế cạnh tranh về giá thành sản xuất so với các doanh nghiệp phân bón sản xuất trong nước.
Dự thảo Luật thuế GTGT sửa đổi đã được Bộ Tài Chính trình Quốc hội xem xét và cho ý kiến tại kỳ họp thứ 7 (diễn ra vào tháng 6/2024) và sẽ được biểu quyết thông qua tại kỳ họp thứ 8 (diễn ra vào tháng 10/2024). Trong đó có đề xuất đưa mặt hàng phân bón vào diện chịu thuế GTGT 5% thay vì không chịu thuế GTGT như hiện nay.
Nếu được Quốc hội thông qua, chúng tôi cho rằng Luật thuế GTGT sửa đổi sẽ có hiệu lực kể từ năm 2025. Trong trường hợp Luật thuế GTGT sửa đổi được thông qua, số thuế GTGT mà các doanh nghiệp phân bón phải nộp sẽ được tính theo công thức:
Số thuế VAT phải nộp = Số thuế VAT đầu ra - Số thuế VAT đầu vào được khấu trừ
Do các loại nguyên liệu đầu vào chính của DPM như khí thiên nhiên và các loại axit có thuế suất thuế VAT đầu vào là 10% cao hơn thuế suất VAT đầu ra nếu được thông qua là 5%. Do đó, DPM sẽ được hưởng lợi từ phần chênh lệch giữa thuế thuế VAT đầu vào được khấu trừ và thuế VAT đầu ra phải nộp.
DPM sẽ được hưởng lợi nhiều hơn nhờ sản phẩm NPK hóa học. Các doanh nghiệp sản xuất phân bón NPK trong nước sẽ không được hưởng lợi đáng kể từ luật thuế GTGT sửa đổi do có nguyên liệu đầu vào là các loại phân đơn có thuế suất thuế GTGT bằng phân NPK đầu ra là 5%. Trong khi đó, sản phẩm NPK của DPM là NPK hóa học có nguyên liệu đầu vào là các loại axit có thuế suất thuế GTGT 10%, do đó mảng NPK của DPM sẽ được hưởng lợi nhiều hơn từ luật thuế GTGT sửa đổi
Ước tính khi luật thuế GTGT được thông qua DPM có thể được hoàn khoảng 240 - 270 tỷ đồng thuế GTGT đầu vào mỗi năm (tương ứng với 35 - 39% LNTT năm 2023 của DPM)